Để đảm bảo giãn cách sau khi học sinh quay trở lại trường, từ ngày 04/05 đến nay vào mỗi sáng thứ hai hàng tuần, trường THCS Thanh Xuân Nam tổ chức cho học sinh chào cờ ngay trong lớp học thay vì tập trung ngoài sân trường như trước đây. Giáo viên chủ nhiệm của mỗi lớp tổ chức điều hành cho các học sinh chào cờ ngay tại lớp học.
Khi tiếng nhạc cất lên, các em học sinh đồng thanh hát vang Quốc ca, Đội ca và hướng mắt lên lá cờ Tổ quốc được treo trang trọng trên bảng.
Buổi chào cờ mặc dù được tổ chức trong lớp học nhưng vẫn có đầy đủ các nghi thức và giữ được sự nghiêm trang.